Le massif du Psiloritis comprend un grand nombre de hauts sommets, dépassant les 1 000 m d’altitude ; dans le sens horaire depuis le nord du massif :
au centre-nord le Madari (Μαδαρή) (1 478 m) et le Chaméni (Χαμένη) (1 206 m),
au nord le Gournos (Γούρνος) (1 292 m),
au nord-nord-est le Stéfana (Στεφάνα) (1 206 m) et le Vathias (Βαθιάς) (1 006 m),
au nord-est le Tsounia (Τσούνια) (1 432 m), le Kastélos (Κάστελος) (1 280 m) et le Voskéro (Βοσκερό) (1 199 m),
au centre du massif, le Damakoi (Δαμάκοι) (1 584 m),
à l’est le Koudouni (Κουδούνη) (1 860 m),
à l’est-sud-est le Skinakas (Σκίνακας) (1 752 m) et le Pipéros (Πίπερος) (1 713 m),
au sud-est l’Ammoudara (Αμμουδάρα) (1 610 m), le Mavros Koumos (Μαύρος Κούμος) (1 614 m ou 1506 m ?), le Kéfala (Κεφάλα) (1 310 m) et l’Ampélakia (Αμπελάκια) (1 441 m),
au sud-sud-est l’Alikadam (Αλικαδάμ), ou Alikadamis ou Chalasokéfala (Χαλασοκεφάλα) (1 926 m),
au sud-sud-ouest le Soros (Σόρος) (1 720 m) et le Samari (Σαμάρι) (1 413 m),
au sud-ouest le Mavri (Μαύρη) (1 981 m) et le Plakoura (Πλάκουρα) (1 347 m),
à l'ouest-sud-ouest le Koussakas (Κούσσακας) (1 920 m),
au centre-ouest le mont Ida (Óros Ídi) ou Timios Stavros (Τίμιος Σταύρος) qui est est le point culminant de la Crète (2 456 m),
au centre-nord-ouest le Tafkoura (Ταύκουρα) (1 577 m),
à l’ouest-nord-ouest le Charkias (Χαρκιάς) (1 629 m) et le Kourouna (Κουρούνα) (1 850 m),
au nord-nord-ouest le Kastellos (Κάστελλος) (1 384 m) et le Mounta (1 076 m).
Le paysage est dominé par le calcaire et les dolomies des unités tectoniques de « Plattenkalk » et de Tripolitsa ; des dolines, des ponors et des gouffres, plus ou moins grands, ressemblant à des cratères volcaniques, peuvent être observés tout autour depuis le pic voisin de Skinakas, où se trouve l’observatoire de l’université.
De beaux plis géologiques se développent par endroits dans les calcaires lamellaires typiques de la partie nord-ouest, tandis que des concrétions siliceuses blanches apparaissent en de nombreux endroits, formées, selon certaines théories, à partir de colonies d’éponges fixées sur le fond marin de l’ancien océan Téthys (Τηθύς).
Dans la zone de Mithia, située à proximité de Pétradolakia, on peut observer l’une des plus grandes expositions de métaflyschs de l’unité tectonique de calcaires en plaquettes. Le métaflysch est fortement déformé et présente de spectaculaires plis à petite échelle, tandis qu’au-dessus se trouve un grand affleurement de l’unité de calcaire de Tripoli. Cette configuration donne naissance à une source très importante survenant au contact des deux unités tectoniques, qui est en fait la faille du détachement crétois.
Il y a plusieurs millions d’années, cette faille a soulevé les roches du groupe « Plattenkalk » jusqu’à la surface, depuis une profondeur de 30 à 40 km. Une ligne horizontale caractéristique sur la pente tracée par la végétation et la différence de relief sépare les roches métamorphisées de l’unité tectonique de calcaire en plaquettes, dit Plattenkalk, et de « phyllite-quartzite », des roches non métamorphisées de couverture de l’unité de calcaire de Tripoli, dit Tripolitsa. Entre les deux unités tectoniques, de petites lentilles de roches de phyllite-quartzite apparaissent par endroits.
C’est à cause de cette faille que s’est développée la petite source voisine de la chapelle : la faille met en contact les calcaires du groupe « Tripolitsa » avec les roches imperméables du métaflysch « Plattenkalk » au fond, bloquant ainsi l’eau de pluie pénétrant dans les roches de Tripolitsa, qui s’enfonce plus profondément dans les roches de « Plattenkalk », pour former la source qui coule derrière la chapelle. Sur les falaises calcaires verticales pousse le célèbre dictame de Crète, ou « érontas » (έρωντας) (Origanum dictamnus).
Les falaises abruptes du côté oriental des montagnes du Psiloritis, surplombant le plateau du Nida, sont formées par une grande faille normale. La faille est en fait la cause qui a révélé l’entrée de la grotte de l’Ida (Ιδαίον Άντρο) ; la faille est bien conservée à l’entrée de la grotte, mais aussi dans la grotte elle-même, avec de beaux plans de faille et des lignes de glissement tectoniques caractéristiques.
La faille part de la plaine de la Messara au sud, traverse le corps principal des montagnes du Psiloritis et continue plus au nord-ouest jusqu’à la vallée de Mylopotamos. Compte tenu des déplacements verticaux des roches de de calcaire de Tripolitsa qui existent au mont Mavri Koryfi (Μαύρη Κορυφή) (« le sommet noir »), situé juste à l’ouest de la faille, et également sur le plateau du Nida à l’est de la faille, il semble que des roches aient été surélevées verticalement au moins jusqu’à 400 m. Cette poussée verticale, ainsi que des changements dans le mouvement de surface des eaux qui s’en sont suivis, sont à l’origine de la création du plateau du Nida, qui se trouve en fait en travers de la direction de la faille. En plusieurs endroits, des indicateurs tectoniques montrent une réactivation très récente de la faille, la caractérisant comme une faille active.