À la différence des agaricomycètes, les aphyllophores sont tout à fait divers dans leurs formes. Généralement les corps fructifères de ces champignons n’ont pas la forme stéréotypée de champignon et beaucoup ne sont pas identifiés comme champignons par l’amateur débutant.
Les familles les plus représentatives des aphyllophores sont les suivantes :
Les polyporacées (Polyporacea) et autres polyporales : les polyporacées sont les recycleurs primaires de la forêt. Ils vivent typiquement sur les arbres, vivants ou morts, les transformant lentement en éléments nutritifs de base nécessaires aux arbres vivants. Les polypores sont nommés ainsi parce que leur face inférieure est couverte par de nombreux pores qui produisent les spores. Ces champignons sont souvent en forme de console, poussant sur des souches ou des troncs d’arbres tombés. La plupart de ces champignons sont assez indéfinissables ; quelques uns cependant, comme le polypore soufré (Laetiporus sulphureus) sont tout à fait reconnaissables.
Les schizophyllacées (Schizophyllaceae) : les schizophyllacées ressemblent, vus de dessus, à des polypores, mais ils ont des lamelles sur la face inférieure. Les lamelles sont divisées longitudinalement et sont souvent courbes, formant des motifs assez décoratifs. Un des plus intéressants stéréacées est le théléphore terrestre (Thelephora terrestris).
Les clavariacées (Clavariaceae) et autres clavariales : les clavariacées peuvent être minces et non ramifiés, comme la Clavaria vermicularis, ou ils peuvent être touffus, avec de nombreuses ramifications, comme la ramaire jolie (Ramaria formosa). Beaucoup de ces champignons sont comestibles (pas la ramaire jolie) et, à tout le moins, ils apportent de belles formes et couleurs à leurs habitats. Les clavariacées produisent des spores le long de la majeure partie de la surface de leur corps fructifère.
Les hydnacées (Hydnaceae) : les hydnacées peuvent avoir la forme de coraux ou la forme typique en ombrelles, comme l’hydne imbriqué (Hydnum imbricatum), mais la surface inférieure du champignon, productrice des spores, est couverte d’aiguillons, ou dents. Ils sont parmi les meilleurs champignons comestibles.
Les cantharellacées (Cantherellacea) : la girolle (Cantharellus cibarius), et ses proches parents, sont parmi les champignons les plus prisés ; ils sont aussi savoureux qu’élégants et, plus important encore, plusieurs espèces sont pratiquement exemptes de vers, ce qui contribue à leur popularité. Les cantharellacées produisent des spores sur les plis de la surface inférieure de leur chapeau en forme de coupe.