Le monastère Sainte-Claire fut fondé par le petit-fils de Zarco en 1492, — l’année de la découverte de l’Amérique — à l’emplacement d’une chapelle érigée par Zarco et où il fut enterré. Zarco, le grand navigateur, le colonisateur de l’île de Madère, repose désormais dans l’église du monastère. L’église fut achevée en 1493 et les clarisses emménagèrent dans le couvent en 1497.
La petite-fille du colonisateur de Madère, Dona Isabel, entra au couvent des Clarisses et en fut la première abbesse ; les Zarco firent donc preuve de générosité envers le couvent, lui attribuant des terres, notamment dans le « Val des Nonnes » (ou plutôt, l’enclos des Nonnes), Curral das Freiras. Lors d’une attaque de pirates français, en 1566, les Clarisses du monastère trouvèrent refuge à Curral das Freiras. Le couvent fut agrandi au XVIIe siècle.
Le couvent de Santa Clara est entouré par de hauts murs, construits pour protéger les religieuses des regards indiscrets, et les garder concentrées sur leurs devoirs religieux, sans les distractions du monde extérieur. Dans le passé, la seule partie du couvent ouvert au public était l’église.
Le jardin cloîtré occupe la partie la plus ancienne de l’édifice, mais il n’y a plus aucune trace de la chapelle construite par Zarco au XVe siècle.
Le trésor du monastère comprend une collection hétéroclite de reliquaires, d’autels dorés, de statues polychromes et de portraits encadrés de saints ; il date principalement des XVIIe et XVIIIe siècles.
Le clocher de l’église du monastère se reconnaît de loin grâce à son curieux toit, en forme de coupole, revêtu d’azulejos aussi précieux qu’anciens. Ce clocher en forme de minaret reflète l’influence culturelle de la Séville maure, où les tuiles de décoration du dôme furent fabriquées.
Il ne reste qu’une seule arche gothique de l’église originelle du XVe siècle, mais l’église Sainte-Claire du XVIIe siècle est un joyau. La chapelle est un bâtiment magnifique : après avoir descendu les quelques marches, on découvre les murs entièrement recouverts d’azulejos jaunes et bleus du XVIIe siècle, aux dessins géométriques, parmi lesquels des exemplaires sévillans rares, ainsi que d’impressionnantes grilles au fond de la nef. En levant les yeux, on a l’impression d’être debout à l’intérieur d’un énorme coffret incrusté d’azulejos jaunes, bleus et verts, le plafond en bois peint formant le couvercle.
Une grille de fer dans le mur permet aux religieuses de suivre la messe depuis de la solitude du couvent.
L’autel est en marbre et or ; le magnifique tabernacle en argent sur l’autel date de 1671.
La tombe située au fond de l’église est celle de membres de la famille de Zarco : ses deux petites-filles, fondatrices de l’ancien couvent des clarisses, y sont enterrées.
Au fond, dans la pénombre, surmonté d’un dais gothique en assez mauvais état et soutenu par des lions accroupis, se trouve le sarcophage du gendre de Zarco, Martim Mendes de Vasconcelos (mort en 1493). Des frises ornementales d’azulejos baroques encadrent le tombeau du gendre de Zarco.
João Gonçalves Zarco lui-même (mort en 1471) se trouve enterré devant le maître-autel, mais la dalle de la tombe est cachée sous un plancher moderne en bois. Le mémorial qui lui fut dédié a disparu depuis longtemps.