Sa façade blanche percée de fenêtres à encadrement de basalte noir et son un portail gothique du même matériau, commandent tout le décor de la place de l’Hôtel de Ville.
L’église Collégiale (Igreja do Colégio), ou église Saint-Jean l’Évangéliste (Igreja de São João Evangelista), est une vaste construction baroque du XVIIe siècle. Sa construction débuta en 1629 et se termina dans la première moitié du XVIIIe siècle. C’est un exemple typique d’église jésuite, avec une vaste nef, un faux transept et un chœur spacieux.
La façade comporte le trigramme, emblème de la Compagnie de Jésus, IHS, composé des trois lettres grecques : I (iota), H (êta) et S (sigma), abréviation du nom grec de Jésus, ΙΗσουΣ.
Les niches creusées dans la façade abritent des statues de saint Ignace (Santo Inácio de Loyola), en bas à gauche, saint François-Xavier (São Francisco Xavier), en bas à droite, saint François Borgia (São Francisco de Borja), en haut à gauche, et saint Stanislas (São Estanislau Kostka), en haut à droite. Au sommet de la façade sont visibles les armes royales du Portugal.
La nef spacieuse, aux tonalités roses, est décorée d’azulejos baroques des XVIIe et XVIIIe siècles et de retables rutilants de dorures.
Les bénitiers situés à l’entrée sont sculptés dans le marbre et sont disposés sur un support en forme de coquille ; ils datent du XVIIIe siècle.
Les chaires, en laurier et en mahogany, datent de 1720.
Le paravent du portail, datant de 1720, est une œuvre remarquable de marqueterie, utilisant des bois locaux, le laurier fétide, ou til, (Ocotea foetens) et le laurier des Açores (Laurus azorica), ainsi que des bois exotiques importés du Brésil.
Le chœur est resplendissant de sculptures en bois doré. Il est orné d’un retable considéré comme l’un des joyaux de la gravure sur bois madérienne. Créé en 1646, ce retable fut remanié en 1660 pour accueillir le Saint Sacrement. Aujourd’hui il présente une statue du saint patron, saint Jean l’Évangéliste. Les statuettes du retable représentent les quatre premiers saints de la Congrégation des Jésuites : en bas, saint Ignace de Loyola et saint François-Xavier ; en haut, saint François de Borgia et saint Louis de Gonzague.
Deux importantes peintures sont visibles dans le chœur : une « Nativité » (peinture flamande du XVIe siècle) et une « Adoration des Trois Sages » (peinture vénitienne du XVIe siècle).
Sous la pierre tombale repose Hélène de Bettencourt.
Chapelle Saint-Michel Archange.
Autel Notre-Dame du Peuple et Saint-Joseph.
L’intérieur permet de découvrir d’impressionnants plafonds peints comportant trois faux dômes peints en trompe-l’œil.
Après l’expulsion des Jésuites, le 16 juillet 1760, l’église Saint-Jean l’Évangéliste fut fermée pendant de nombreuses années.
En 1787, par autorisation de la reine Dona MariaI, le bâtiment fut occupé par le séminaire diocésain.
Dans les années 1801 et 1802, et entre 1807 et 1814, le collège servit de cantonnement aux troupes britanniques au XIXe siècle.
En 1846, des travaux de sauvegarde et de restauration furent entrepris, et, en 1848, le Collège fut dévolu au Diocèse et rendu au service religieux.
Il est devenu maintenant une institution d’enseignement secondaire (on peut entrer dans la cour).