Nach der Eroberung von Konstantinopel durch die osmanischen im Jahre 1453 forderte der Sultan Ritter von Saint-Jean, eine Vasallentumssteuer zu entrichten. Aufgrund ihrer Ablehnung machten die osmanischen Insel von Kos ein konstantes Ziel ihrer Angriffe, die die Einwohner der Insel forciert, ihre Häuser aufzugeben und in den Festungen zu flüchten. Die Insel hielt all diesen Angriffen stand, aber am 1. Januar 1523 nach sechs Monaten Sitz nahmen die Armeen des Sultans Ottomane Soliman Ier die Festung der Ritter von Saint-Jean in Rhodos. Die Begriffe der übergabe sahen die überreichung des anderen Besitzes von Saint-Jean im Dodekanes vor, insbesondere jenes von Kos: am 5. Januar 1523 dauern die Krankenhausritter, das Schloss von Neratzia und die Insel von Kos auf die Türken zu verschieben. Im Jahre 1603 versuchten die Krankenhausritter ohne Erfolg, die Insel zurückzunehmen.
Kos ging auf das Verwaltungssystem des Imperiums Ottomane ein; die Insel und die Stadt von Kos nannten sich Istanköy in türkisch - dass die Europäer sich in Stankou übertrugen. Rhodos und Kos entgegen anderen Inseln des Dodekanes erfuhren schwere Steuern, die vom türkischen Inhaber auferlegt wurden. Eine bedeutende Anzahl muslimischer Kolonisten wanderte auf der Insel im Laufe XVIe Jahrhundert ein: im Laufe der XVII. und XVIII. Jahrhunderte wurde die Bevölkerung zwischen christlichen Muslimen und geteilt, aber die Insel zählte ebenfalls eine kleine Anzahl von Juden. Die Muslime lebten hauptsächlich in den Stadtgebieten, während das Land ausschließlich christlich war.
Die griechischen Einwohner von Kos widersetzten sich unaufhörlich der türkischen Beherrschung. Im Laufe des Krieges zwischen Russland und dem Imperium osmanisch von 1788-1792 wurde die orthodoxe griechische Bevölkerung hart durch die osmanischen unterdrückt. Im Jahre 1810-11 wurde die Insel von Kos durch eine schreckliche Pestepidemie getroffen. Im Jahre 1821 nahm sie am griechischen Aufstand gegen den Inhaber teil; die türkische Unterdrückung war wild: am 11. Juli dieses Jahres wurden mehr als 90 griechische Patrioten um die Hippokrates-Platane gehangen. Nach einer schriftlichen Zeugenaussage des französischen Reisenden Pouqueville führten die Türken 900 griechische Christen auf der Insel von Kos aus. Im Jahre 1824 erfährt Kos eine neue Unterdrückung nach der Schlacht von Gerontas (29. August 1824), wo die osmanische Flotte durch die griechische Flotte besiegt wurde.
Anfang der Jahre 1830 begann Griechenland - das progressiv hatte vom Imperium Ottomane seit XIVe Jahrhundert erobert - sich vom Joch Ottomane zu befreien. Jedoch Kos und der Rest des Dodekanes blieben türkisch; es ist nur nach 1838, dass einige Grund- und politische Rechte den Christen von Kos gewährt wurden: im Jahre 1843 wurde ein Rat der alten auf der Insel von Kos eröffnet.
Während der osmanischen Beschäftigung blieb die Wirtschaft der Insel hauptsächlich landwirtschaftlich: die Reisenden die zu dieser Zeit bieten Beschreibungen des überflusses an den Agrarerzeugnissen an; jedoch wurden die Infrastrukturen der Insel während dieser Periode vernachlässigt.
Die türkische Beschäftigung ging im Jahre 1912 am Ende des italo-türkischen Krieges zu Ende; die Italiener übernehmen die Verwaltung der Insel von Kos. Die Insel von Kos war 390 Jahre unter dem Joch Ottomane blieben.
.jpg "Gravieren der Insel von Lango (Kos) im Jahre 1697 (Herausgeber Dapper). Klicken, um das Bild zu vergrößern.")
.jpg "Gravieren auf Kupfer der Karte der Inseln von Lero (Leros) Calamo (Calymnos) und Lango (Kos) durch Alain Manesson Mallet Frankfurt, 1719. Klicken, um das Bild zu vergrößern.")
.jpg "Karte der Insel von Cos durch Giacomo Franco 1597. Klicken, um das Bild zu vergrößern.")
