Suite à l’affaiblissement de l’Empire byzantin, les Vénitiens s’emparèrent de l’île de Kos vers 1306. En 1315, ils vendirent l’île aux Chevaliers Hospitaliers de Saint-Jean. Jusqu’en 1336, l’île fut encore disputée entre l’Empire byzantin, les Vénitiens et les Chevaliers de Saint-Jean. Après cette date, les Chevaliers contrôlèrent fermement l’île de Kos.
La ville médiévale de Kos, fortifiée par les Chevaliers Hospitaliers, occupait la zone comprise aujourd’hui entre le Boulevard des Palmiers (Λεωφόρος των Φοινίκων) et le Boulevard Hippocrate (Λεωφόρος Ιπποκράτους) ; elle englobait moins d’un quart de la ville antique gréco-romaine, c’est à dire seulement la zone du port et de l’ancienne agora, par la suite connue comme le quartier Chora.
Jouxtant le château de Neratziá se trouvait un petit bourg dont la fortification avait débuté avant même la construction de la forteresse. C’est sous le magistère de Jean Fernandez de Heredia (1376-1396) qu’une muraille de faible hauteur, entourée d’un fossé peu profond, avait été construite de 1391 à 1396. Cette fortification avait pour but de défendre la ville médiévale contre les attaques des Turcs du sultan Bajazet Ier.
Il ne reste de cette enceinte fortifiée que deux des cinq portes, la Porte du Sud et la porte connue sous le nom de « Porte de l’Octroi », deux tours (aux angles sud-est et sud-ouest du bourg) et une petite section du mur (en-dessous de la Place du Platane d’Hippocrate).
La Porte de l’Octroi (Πύλη του Φόρου), à l’angle sud-ouest, était ainsi nommée parce que les marchands, au Moyen Âge, devaient y payer l’impôt pour vendre des marchandises dans la ville médiévale. La Porta tou Forou est, de nos jours, recouverte de magnifiques bougainvillées.
L’église Saint-Jean le Nauclère
L’église Saint-Jean le Nauclère (Άγιος Ιωάννης ο Ναύκληρος) fut bâtie au début du XVe siècle et à l’origine dédiée à saint Jean-Baptiste, le saint patron des Chevaliers Hospitaliers de Saint-Jean qui dominaient l’île à cette époque.
L’église tomba en ruine et, en 1943, elle fut déplacée et restaurée. En 1947, l’église fut consacrée au martyr originaire de Kos, saint Jean le Nauclère. Jean le Nauclère (c’est-à-dire l’armateur) avait été séduit par les Turcs et converti à l’islam. Il abjura ensuite l’islam et affirma sa foi chrétienne ; il continua à le faire depuis la prison après son arrestation par les Turcs : ceux-ci le condamnèrent à mort par le bûcher.
Situation
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La ville médiévale de 
_small.jpg "La ville médiévale de Kos. Le château Neratzia de Kos. La Porte sud de la ville médiévalei (auteur bazylek100). Cliquer pour agrandir l'image dans Flickr (nouvel onglet).")
_small.jpg "La ville médiévale de Kos. La porte de l'Octroi de la ville médiévale de Kos (auteur bazylek100). Cliquer pour agrandir l'image dans Flickr (nouvel onglet).")
.jpg "La Porte de l'Octroi de la ville médiévale de Kos (auteur Tedmek). Cliquer pour agrandir l'image.")
L’église Saint-Jean le Nauclère.jpg "La ville médiévale de Kos. L'église Saint-Jean-le-Nauclère de Kos (auteur Elisa Triolo). Cliquer pour agrandir l'image.")
_small.jpg "L'église Saint-Jean-le-Nauclère à Kos (auteur reini68). Cliquer pour agrandir l'image dans Flickr (nouvel onglet).")
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