Sequência ao enfraquecimento do Império bizantino, os Venezianos apreenderam-se da ilha de Kos por volta de 1306. Em 1315, venderam a ilha aos Cavaleiros Hospitalares de São João. Até 1336, a ilha ainda foi disputados entre o Império bizantino, os Venezianos e os Cavaleiros de São João. Após esta data, os Cavaleiros controlaram firmemente a ilha de Kos.
A cidade medieval de Kos, fortificado pelos Cavaleiros Hospitalares, ocupava a zona compreendida hoje entre a Alameda das Palmas (Λεωφόρος των Φοινίκων) e a Alameda Hippocrate (Λεωφόρος Ιπποκράτους); englobava menos de um quarto da cidade antiga gréco-romaine, ou seja apenas a zona do porto e antiga a ágora, seguidamente conhecida como o bairro Chora.
Jouxtant o castelo de Neratzia encontrava-se uma pequena cidade cuja fortificação tivesse começado antes mesmo da construção da fortaleza. É sob o magistère de Jean Fernandez de Heredia (1376-1396) que um muralha de fraca altura, cercada de um fosso pouco profundo, tinha sido construído de 1391 à 1396. Esta fortificação tinha para objectivo defender a cidade medieval contra os ataques dos Turcos da sultão Bajazet 1.
Permanece de este recinto fortificado apenas dois das cinco portas, a Porta do Sul e a porta conhecida sob o nome “de Porta da Concessão”, duas torres (aos ângulos sueste e sudoeste da cidade) e uma pequena seção do muro (debaixo do Lugar Platane Hippocrate).
A Porta da Concessão (Πύλη του Φόρου), ao ângulo sudoeste, assim era nomeada porque os mercadores, à Idade $média, haver o imposto para vender mercadorias na cidade medieval. O Pórta toú Fórou, hoje em dia, é abrangido de magníficas buganvílias.
A Igreja Saint-Jean-le-Nauclère
A igreja Saint-Jean-le-Nauclère (Άγιος Ιωάννης ο Ναύκληρος) foi construída ao início do XVe século e a origem dedicada à santo Jean-Baptista, o santo proprietário dos Cavaleiros Hospitalares de São João que dominavam a ilha à esta época.
A igreja caiu em ruína e, em 1943, foi deslocada e restaurada. Em 1947, a igreja foi consagrados ao mártir originário de Kos, santo Jean-le-Nauclère. Jean o nauclère (ou seja o armador) tinha sido seduz pelos Turcos e convertido ao Islão. Perjurou seguidamente o Islão e afirmou a sua fé cristã; continuou a fazê-lo desde a prisão após a sua detençáo pelos Turcos: estes condenaram-no à morte pela fogueira.