A igreja basílica do porto (Βασιλική του λιμένος) tinha sido construída ao Ve ou a Vida século após J. - C.: era provavelmente um dos primeiros edifícios cristãos erigidos sobre a ilha de Kos, onde o cristianismo tinha sido estabelecido ao IVe século, como testemunha a participação do bispo Meliphron de Kos em sessões do primeiro conselho ecuménico tido Nicée em Bithynie em 325.
O basílica paleocristã do porto era um edifício à três naves separadas por colunas de granito à barril liso; a igreja era coberta de um telhado à vigamento de madeiras. A nave central, que era mais larga, terminava-se por uma abside semicircular à extremidade é. À entrada da igreja encontrava-se um vestíbulo aberto cercado sobre três lados por pórtico, o pórtico do oeste à dupla colunata. Desde o vestíbulo, uma escada sobre o lado efetuava ao narthex tripartido. A igreja como tal (naos) tinha um solo em mosaico. Sobre o lado direito encontrava-se um batistério. O basílica tinha um comprimento de 62 m e uma amplitude de 23,5 m, que fazia uma mais dos grandes basílicas do Mar Mediterrâneo no momento em que foi construída.
O basílica, cujas fundações são conservadas, tinha sido construído sobre os vestígios e com os materiais do stoa do porto e o molhe é, que tinham sido preenchido para criar uma terraplenagem artificial, de modo que o basílica dominasse o bairro do porto. Perto de um milénio atrasado, as ruínas basilique serviram de carreira aos Cavaleiros Hospitalares de São João para a edificação do castelo de Nerantzia e o muro fortifications da cidade medieval. Reencontra-se colunas do basílica nos tetos das entradas externas e internas do castelo.
Uma igreja basílica encontrava-se na zona arqueológica do oeste. Tinha sido construída após o tremor de terra de 469 após J. - de C., onde encontrava-se frigidarium (banhos frios) dos banhos romanos do oeste. A igreja tinha três naves com, ao leste, uma grande arca em semicírculo que compreendia um anfiteatro onde o clero sentava. O altar era apoiado por cinco colunas na forma de cone do qual pode-se ainda ver as bases hoje. O basílica foi destruído provavelmente pelo tremor de terra de 554 após J. - C.
Um outro basílica encontrava-se na zona arqueológica do oeste. Tinha sido construída após o tremor de terra de 469 ao lugar do caldarium (banhos quentes) dos banhos romanos do oeste. Do edifício únicos cerca de elementos arquitecturais foram conservados, mas numerosas peças de mármore, entre as quais o impressionante púlpito, é conservado dentro do Castelo dos Cavaleiros. O solo do basílica relógio dos fragmentos conservados bem mosaicos; contudo mais bonita destes mosaicos foram transferida, pelos Italianos, no Palácio dos Grandes Mestres à Rodes.
Ao Sul do basílica encontra-se um batistério de forma cilíndrico. Esta pia batismal foi restaurada sob a dominação italiana. O basílica e o batistério foram destruídos provavelmente pelo tremor de terra de 554 após J. - C.