Após a conquista de Constantinopla Cruzado pelo em 1204, à instigação da República de Veneza, e o enfraquecimento consequente do Império bizantino, o Veneziano e o Génois disputaram-se a supremacia sobre a ilha de Kos, então nomeada Lango. O Génois chegou durante certo tempo a acrescentar Lango às outras grandes ilhas (Metelino et Scio) que possuiam já perto da costa da Ásia menor. Os Venezianos fizeram a conquista da ilha de Kos, mas, em 1314, o corsaire génois Vignolo de Vignoli, senhor da ilha, fez chamada aos Cavaleiros de São João. Após uma curta ocupação, os Venezianos venderam a ilha Lango à Ordem dos Cavaleiros Hospitalares de São João, igualmente nomeados Cavaleiros de Rodes onde a sede da Ordem era estabelecida desde 1306.
Até 1336, a situação permaneceu litigiosos e é possível que a ilha foi retomada pelos Venezianos, ou mesmo que temporariamente seja voltada ao Império bizantino. Desde 1337, os Cavaleiros de São João tiveram firmemente a ilha de Kos: a Ordem de São João tinha sobre a ilha os seus limpos governadores que eram nomeados pelo Conselho dos Cavaleiros de Rodes: controlavam estreitamente a ilha e os seus habitantes.
O XIVe o século vive os primeiros ataques pelos Turcos; os Hospitalares tiveram êxito a afastar estes ataques em 1457 e em 1477, principalmente devido à potência das fortificações que tivessem edificado sobre a ilha. Trata-se nomeadamente do castelo de Neratzia à entrada do porto da cidade de Kos, do castelo de Antimahia ao centro da ilha, que foi atacado sem sucessos em 1457, do castelo de Palaio Pyli e o castelo de Kefalos. Hoje ainda, reparar dos estragos infligidos pelos ataques turcos sobre os dois castelos mais importantes, o de Neratzia e o de Antimahia, são claramente visíveis.
A ilha de Kos não foi tomada os Otomanos, mas pela Ordem de São João dût as nossas ser render em 1523 após a queda de Rodes. Os Cavaleiros tinham governado a ilha durante cerca de dois séculos.