A raíz del debilitamiento del Imperio bizantino, los Venecianos se apoderaron de la isla de Kos hacia 1306. En 1315, vendieron la isla a los Caballeros Hospitalarios de San Juan. Hasta el 1336, la isla se disputó aún entre el Imperio bizantino, los Venecianos y los Caballeros de San Juan. Tras esta fecha, los Caballeros controlaron firmemente la isla de Kos.
La ciudad mediaval de Kos, consolidado por los Caballeros Hospitalarios, ocupaba la zona incluida hoy entre el Bulevar de las Palmeras (Λεωφόρος των Φοινίκων) y el Bulevar Hippocrate (Λεωφόρος Ιπποκράτους); englobaba menos de un cuarto de la ciudad antigua grecorromana, es decir, solamente la zona del puerto y el antiguo ágora, más tarde conocida como el barrio Chora.
Lindando el castillo de Neratzia se encontraba un pequeño burgo cuya fortificación había comenzado antes mismo de la construcción de la fortaleza. Está bajo el magisterio de Jean Fernández de Heredia (1376-1396) que se había construido una muralla de baja altura, rodeada con una zanja poco profunda, de 1391 a 1396. Esta fortificación tenía por objeto defender la ciudad mediaval contra los ataques de los Turcos del sultán Bajazet 1.o.
Sólo permanece este recinto consolidado dos de las cinco puertas, la Puerta del Sur y la puerta conocida bajo el nombre “Puerta de la Concesión”, dos vueltas (a los ángulos surestes y suroestes del burgo) y una pequeña sección de la pared (debajo de la plaza del Plátano de Hippocrate).
La Puerta de la Concesión (Πύλη του Φόρου), al ángulo suroeste, se nombraba así porque los negociantes, a la Edad Media, hay el impuesto para vender mercancías en la ciudad mediaval. El Pórta toú Fórou, hoy día, se cubre de espléndidas buganvillas.
La Iglesia Saint-Jean-le-Nauclère
La iglesia Saint-Jean-le-Nauclère (Άγιος Ιωάννης ο Ναύκληρος) se construyó al principio del XVe siglo y al origen dedicado a santo Jean-Baptiste, el santo dueño de los Caballeros Hospitalarios de San Juan que dominaban la isla en esta época.
La iglesia cayó en ruina y, en 1943, se desplazó y restaurado. En 1947, la iglesia se consagraron al mártir originario de Kos, santo Jean-le-Nauclère. Jean el nauclère (es decir, el armador) había sido seduce por los Turcos y convertido al islam. Abjuró a continuación el islam y afirmó su fe cristiana; siguió haciéndolo desde la prisión después de su detención por los Turcos: éstos lo condenaron a muerte por la hoguera.