La iglesia basílica del puerto (Βασιλική του λιμένος) se había construido al Ve o a la Vida siglo después de J. - C.: era uno probablemente de los primeros edificios cristianos creados sobre la isla de Kos, donde el cristianismo se había establecido al IVe siglo, como da prueba la participación del obispo Meliphron de Kos en sesiones del primer concilio ecuménico sujeto en Nicea en Bithynie en 325.
La basílica paléochrétienne del puerto era un edificio a tres naves separadas por columnas de granito a barril liso; la iglesia estaba cubierta con un tejado a estructura de madera. La nave central, que era la más amplia, se terminaba por un ábside semicircular a la extremidad es. A la entrada de la iglesia se encontraba un atrio abierto rodeado sobre tres lados por pórticos, el pórtico del oeste siendo a doble columnata. Desde el atrio, una escalera sobre el lado conducía al narthex tripartito. La iglesia propiamente dicha (naos) tenía un suelo en mosaico. Sobre el lado derecho se encontraba un baptisterio. La basílica tenía una longitud de 62 m y una anchura de 23,5 m, lo que hacía una de las más grandes basílicas del Mediterráneo en el momento en que se construyó.
La basílica, cuyas fundaciones se conservan, se había construido sobre los vestigios y con los materiales del stoa del puerto y el embarcadero es, que habían sido colmadas para crear un terraplén artificial, de modo que la basílica dominara el barrio del puerto. Cerca de un milenio más tarde, las ruinas de la basílica sirvieron de carrera a los Caballeros Hospitalarios de San Juan para la edificación del castillo de Nerantzia y la pared de fortificaciones del burgo mediaval. Se encuentran columnas de la basílica en los límites máximos de las entradas exteriores e interiores del castillo.
Una iglesia basílica se encontraba en la zona arqueológica del oeste. Se había construido después del terremoto de 469 después de J. - de C., allí donde se encontraba el frigidario (baños fríos) de las termas romanas del oeste. La iglesia tenía tres naves con, al este, un gran arco en semicírculo que incluía un anfiteatro donde la clero sentaba. El altar era sostenido por cinco columnas con forma de cono cuyas bases se pueden aún ver hoy. La basílica fue destruida probablemente por el terremoto de 554 después de J. - C.
Otra basílica se encontraba en la zona arqueológica del oeste. Se había construido después del terremoto de 469 al sitio del caldarium (baños calientes) de las termas romanas del oeste. Del edificio se conservaron solos algunos elementos arquitectónicos, pero numerosas partes de mármol, entre las cuales el impresionante cátedra, se conserva dentro del Castillo de los Caballeros. El suelo de la basílica reloj de los fragmentos bien conservados mosaicos; sin embargo los Italianos transfirieron el más bonitos de estos mosaicos, en el Palacio de los Grandes Amos en Rodas.
Al sur de la basílica se encuentra un baptisterio de forma cilíndrico. Estas pilas bautismales se restauraron bajo la soberanía italiana. La basílica y el baptisterio fueron destruidos probablemente por el terremoto de 554 después de J. - C.