Μετέπειτα την κατάκτηση Κωνσταντινούπολη από οθωμανικό το 1453, ο σουλτάνος απαίτησε ιππότες του Άγιου Ιωάννη να πληρώσουν έναν φόρο της υποτέλειας. Κατόπιν την άρνησή τους, οθωμανικός έκανε ένα νησί Κως μια σταθερή στοχοθέτηση των επιθέσεών τους, που αναγκάζει τους κατοίκους του νησιού να εγκαταλείψουν τα σπίτια τους και réfugier μέσα στα φρούρια. Το νησί αντιστάθηκε σε όλες αυτές επιθέσεις, αλλά, την 1η Ιανουαρίου 1523, μετέπειτατους έξι μήνες της έδρας, οι στρατοί του σουλτάνου Οθωμανός Soliman 1$ος πήραν το φρούριο των ιπποτών του Άγιου Ιωάννη Rhodes. Οι όροι reddition προέβλεψαν την απονομή άλλων κατοχών περίπου το Άγιο Ιωάννη μέσα στα Δωδεκάνησα, κυρίως αυτός Κως: στις 5 Ιανουαρίου 1523, οι νοσηλευτικοί ιππότες διαρκούν να δώστε το κάστρο Neratzia και το νησί Κως στους Τούρκους. Το 1603, οι νοσηλευτικοί ιππότες προσπάθησαν χωρίς την επιτυχία για να ανακτήσουν το νησί.
Κως εισήγαγε μέσα στο διοικητικό σύστημα της αυτοκρατορίας Οθωμανός; το νησί και η πόλη Κως ονομάστηκαν Istanköy στο Τούρκο - ότι οι Ευρωπαίοι μετέγραψαν σε Stankou. Rhodes και Κως, αντιθέτως σε άλλα νησιά των Δωδεκάνησα, υποβλήθηκαν σε βαριούς φόρους που επιβάλλονται από τον τουρκικό κάτοχο. Ένας σημαντικός αριθμός των μουσουλμανικών αποίκων μετανάστευσε στο νησί κατά τη διάρκεια του XVIe αιώνας: κατά τη διάρκεια των XVIIe και XVIIIe αιώνων, ο πληθυσμός διαιρέσθηκε ανάμεσα στους χριστιανικούς μουσουλμάνους και, αλλά το νησί μέτρησε επίσης έναν μικρό αριθμό juifs. Οι μουσουλμάνοι έζησαν κυρίως μέσα στις αστικές περιοχές, ενώ η επαρχία ήταν αποκλειστικά χριστιανική.
Οι ελληνικοί κάτοικοι Κως εναντιώθηκαν ακατάπαυστα στην τούρκικη κυριαρχία. Κατά τη διάρκεια του πολέμου ανάμεσα στο Ρωσσία και την αυτοκρατορία οθωμανικός των 1788-1792 ο ορθόδοξος ελληνικός πληθυσμός καταστάλθηκε σκληρός από οθωμανικό. Το 1810-11, το νησί Κως χτυπήθηκε από μια φοβερή επιδημία της πανώλης. Το 1821, πήρε το μέρος ελληνικός soulèvement ενάντια στον κάτοχο; η τούρκικη καταστολή ήταν άγρια: στις 11 Ιουλίου αυτού του έτους, πιο των 90 ελληνικών πατριωτών κρεμάστηκε γύρω από platane του Ιπποκράτη. Σύμφωνα με μια γραπτή μαρτυρία του γαλλικού ταξιδιώτη Pouqueville, οι Τούρκοι εκτέλεσαν τους 900 ελληνικούς Χριστιανούς στο νησί Κως. Το 1824, Κως υποβάλλεται σε μια νέα καταστολή μετέπειτα τη μάχη Gerontas (29 Αυγούστου 1824) πού ο οθωμανικός στόλος υπερνικήθηκε από τον ελληνικό στόλο.
Στην αρχή 19 1830σ, η ελλάδα - που είχε βαθμιαία κατακτήθηκε από την αυτοκρατορία Οθωμανός από το XIVe αιώνας - άρχισε να απελευθερωθεί joug Οθωμανός. Παρόλα αυτά Κως και το υπόλοιπο των Δωδεκάνησα έμεινε τουρκικό; δεν είναι παρά μετά το 1838 ότι μερικά θεμελιώδη και πολιτικά δικαιώματα χορηγήθηκαν στους Χριστιανούς Κως: το 1843, το Συμβούλιο παλαιού εγκαινιάστηκε στο νησί Κως.
Κατά μήκος την οθωμανική απασχόληση, η οικονομία του νησιού έμεινε πρώτιστα γεωργική: οι ταξιδιώτες της εποχής προσφέρουν περιγραφές της αφθονίας των γεωργικών προϊόντων; παρόλα αυτά οι υποδομές του νησιού παραμελήθηκαν κατά τη διάρκεια αυτήν την περίοδο.
Η τούρκικη απασχόληση πήρε το τέλος το 1912, σχετικά με το τούρκικο πόλεμο; οι Ιταλοί αναλαμβάνουν τη διοίκηση του νησιού Κως. Το νησί Κως είχε παραμείνει 390 ετών κάτω από joug Οθωμανός.