Confusion possible avec les Strobilurus, en particulier la collybie tenace (Strobilurus tenacellus) et la collybie à cystides colorées (Strobilurus stephanocystis).
La collybie queue de souris pousse, souvent en groupes, sur les cônes d’épicéa ou de pin tombés à terre et plus ou moins enterrés, ou même sur des écailles détachées. Lorsque le cône est enfoui sous les aiguilles ou la mousse, le champignon donne l’impression de pousser directement sur le sol.