De basilique kerk van de haven (Βασιλική του λιμένος) werd aan Ve of het Leven eeuw na J. - C. gebouwd: het was waarschijnlijk een van de eerste christelijke gebouwen die op het eiland Kos worden opgericht, waar het christendom aan IVe eeuw was opgesteld, zoals de participatie van de bisschop Meliphron van Kos aan zittingen van het eerste oecumenische concilie erover getuigt dat in Nicée in Bithynie in 325 wordt gehouden.
De basiliek paléochrétienne van de haven was een gebouw aan drie schepen die door kolommen van graniet aan glad vat worden gescheiden; de kerk werd van een dak aan geraamte van hout bedekt. Het centrale schip, dat het breedst was, liep met een halfronde abside aan het einde af is. Aan de toegang van de kerk een open atrium dat op drie kanten door portalen is omgeven, aangezien bevond het portaal zich van het westen aan dubbele zuilengalerij is. Sinds het atrium, leidde een trap op de kant tot tripartiete narthex. De eigenlijke kerk (naos) had een bodem in mozaïek. Op de rechte kant bevond een doopkapel zich. De basiliek had een lengte van 62 m en een breedte van 23,5 m, hetgeen één ervan van de grootste basilieken van de Middellandse Zee deed op het moment dat zij werd gebouwd.
De basiliek, waarvan de stichtingen worden behouden, werd op de overblijfsels gebouwd en met de materialen van stoa van de haven en jetée is, die werden gevuld om een kunstmatige aanaarding te creëren, zodat de basiliek de wijk van de haven beheerste. Dichtbij een millennium later, dienden de ruïnes van de basiliek als loopbaan aan de Gastvrije Ridders van Sint-Jan voor de bouw van het kasteel van Nerantzia en de muur van vestingwerken van het middeleeuwse stadje. Men vindt kolommen van de basiliek in de plafonds van de buitenlandse en binnenlandse toegangen van het kasteel terug.
Een basilique kerk bevond zich in de archeologische zone van het westen. Zij werd na de aardbeving van 469 na J. - C. gebouwd, daar waar zich frigidarium (koude baden) van Romeinse thermes van het westen bevond. De kerk had drie schepen met, oostelijk, een grote boog in halve cirkel die een amfitheater omvatte waar de geestelijkheid vergaderde. Het altaar werd door vijf kolommen in de vorm van cône ondersteund waarvan kan zien men nog de basis vandaag. De basiliek werd waarschijnlijk door de aardbeving van 554 na J. - C. vernietigd.
Een andere basiliek bevond zich in de archeologische zone van het westen. Zij werd na de aardbeving van 469 aan de plaats van caldarium (warme baden) van Romeinse thermes van het westen gebouwd. Van het gebouw werden de enige enkele architecturale elementen behouden, maar talrijke stukken van marmer, waaronder de indrukwekkende leerstoel, binnen het Kasteel van de Ridders worden behouden. De bodem van de basiliek horloge van de goed behouden fragmenten mozaïeken; nochtans werd het mooist van deze mozaïeken, door de Italianen, in het Paleis van de Grote Meesters in Rhodos overgebracht.
Ten zuiden van de basiliek bevindt een doopkapel zich van cilindrische vorm. Deze doopvont werd onder de Italiaanse heerschappij hersteld. De basiliek en de doopkapel werden waarschijnlijk door de aardbeving van 554 na J. - C. vernietigd.