Κατόπιν την αποδυνάμωση της βυζαντινής αυτοκρατορίας, Vénitiens πάρθηκε δια της βίας του νησιού Κως κατά το 1306. Το 1315, πώλησαν το νησί των νοσηλευτικών ιπποτών του Άγιου Ιωάννη. Μέχρι το 1336, το νησί φιλονικήθηκε ακόμη ανάμεσα στη βυζαντινή αυτοκρατορία, Vénitiens και τους ιππότες του Άγιου Ιωάννη. Μετέπειτα αυτήν την ημερομηνία, οι ιππότες έλεγξαν σταθερά το νησί Κως.
Η μεσαιωνική πόλη Κως, που ενισχύεται από τους νοσηλευτικούς ιππότες, κατέλαβε την περιοχή συμπεριλαμβανόμενη σήμερα ανάμεσα στη λεωφόρο των φοινίκων (Λεωφόρος των Φοινίκων) και τη λεωφόρο ο Ιπποκράτης (Λεωφόρος Ιπποκράτους); περιέλαβε λιγότερος ενός τετάρτου gréco-romaine αρχαίας πόλης, δηλαδή μόνο η περιοχή του λιμανιού και της παλαιάς αγοράς, της γνωστής κατά συνέπεια όπως η συνοικία Chora.
Γειτνιάώντας το κάστρο Neratzia βρέθηκε μια μικρή κωμόπολη η της οποίας οχύρωση είχε αρχίσει πριν μάλιστα την κατασκευή του φρουρίου. Είναι κάτω από το magistère του Jean ο Fernandez Heredia (1376-1396) ότι muraille του αδύνατου ύψους, που περιβάλλεται ενός λίγο βαθιού χάσματος, ήταν χτισμένη των 1391 στα 1396. Αυτή η οχύρωση είχε για το στόχο για να υπερασπίσει τη μεσαιωνική πόλη ενάντια στις επιθέσεις των Τούρκων του σουλτάνου Bajazet 1$ος.
Δεν μένει αυτής της που ενισχύονται ζώνης παρά δύο των πέντε πορτών, της πόρτας του νότου και της πόρτας γνωστής με το όνομα «την πόρτα της χορήγησης», τους δύο γύρους (sud-est και στις sud-ouest γωνίες της κωμόπολης) και ένα μικρό τμήμα του τοίχου (κάτω από τη θέση Platane του Ιπποκράτη).
Η πόρτα της χορήγησης (Πύλη του Φόρου), στη sud-ouest γωνία, ονομάστηκε έτσι επειδή οι έμποροι, στο Μεσαίωνας, πρέπει εκεί να πληρώσουν το φόρο να πωλήσουν εμπορεύματα μέσα στη μεσαιωνική πόλη. Το Pórta toú Fórou, σήμερα, καλύπτεται θαυμάσιου bougainvillées.
Η εκκλησία Saint-Jean-le-Nauclère
Η εκκλησία Saint-Jean-le-Nauclère (Άγιος Ιωάννης ο Ναύκληρος) χτίστηκε στην αρχή του XVe αιώνας και προέλευση τη που αφιερώνεται στον Άγιο ο Baptiste, ο ιερός ιδιοκτήτης των νοσηλευτικών ιπποτών του Άγιου Ιωάννη που εξουσίασαν το νησί τότε.
Η εκκλησία έπεσε στο ερείπιο και, το 1943, κινήθηκε και αποκαταστάθηκε. Το 1947, η εκκλησία αφιερώθηκε μάρτυρα στο originaire Κως, ιερό Jean-le-Nauclère. Ο Jean το nauclère (δηλαδή ο πλοιοκτήτης) ήταν θέλγει από τους Τούρκους και στο Ισλάμ. Απαρνήθηκε έπειτα το Ισλάμ και δήλωσε την χριστιανική πίστη του; συνέχισε να τον κάνει από τη φυλακή μετέπειτα τη σύλληψή του από τους Τούρκους: εκείνοι τον καταδίκασαν στο θάνατο από bûcher.